鹿邑县纪委监委组织机构包括内设职能部门、直属事业单位和派驻机构。内设职能部门21个，具体为：办公室、组织部、宣传部、机关党委、调研法规室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、党风政风监督室、第一至第六监督检查室、第七至第十一审查调查室、纪检监察干部监督室。下属1个事业单位：鹿邑县纪检监察宣传教育中心。实行统一管理的派驻机构15个。 

 县委巡察工作领导小组办公室设在县纪委。