商水县纪委机关与商水县监察委合署办公，共有20个内设机构，分别为：办公室、组织部、宣传部、调研法规室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、党风政风监督室、第一监督检查室、第二监督检查室、第三监督检查室、第四审查调查室、第五审查调查室、第六审查调查室、第七审查调查室、第八审查调查室、第九审查调查室、第十审查调查室、纪检监察干部监督室、机关党委。下属2个事业单位： 商水县纪委监委宣教培训中心、商水县纪委监委网络信息中心。实行统一管理的派驻机构15个。 

商水县委巡察工作领导小组办公室设在县纪委。