周口市纪委监委组织机构包括内设职能部门、直属事业单位和派驻纪检监察组。内设职能部门23个，具体为：办公室、组织部、宣传部、机关党委、调研法规室、信访室、案件监督管理室、案件审理室、党风政风监督室、第一至第六监督检查室、第七至第十一审查调查室、纪检监察干部监督室、网络信息室、离退休干部工作室。下属1个事业单位：周口市纪检监察宣教培训中心。实行统一管理的派驻机构30个。

市委巡察工作领导小组办公室设在市纪委。